Choć Napoleon zwyciężał na lądzie, to morze należało do Wielkiej Brytanii. Jej flota pod dowództwem admirała Nelsona, pokonała w 1805 r. połączoną flotę francuską i hiszpańską. Walki toczyły się niedaleko przylądka Trafalgar (Hiszpania). Napoleon doskonale wiedział, że przejęcie władzy na morzu nie będzie łatwe. Zarządził blokadę kontynentalną. Zakazał wywozu surowców i płodów rolnych do Anglii. Zakaz dotyczył wszystkich państw podległych Francji. Napoleon chciał w ten sposób osłabić gospodarczo Wielką Brytanię.